Kayseri’de yükseköğretimin temeli 1206 yılında kurulan Gevher Nesibe Şifahanesi ve Medresesi ile atılmıştır. Dünyanın ilk tıp fakültesi olarak da bilinen Gevher Nesibe Şifahanesi ve Medresesi, Anadolu Selçuklu Hükümdarı I. Gıyâseddin Keyhusrev tarafından kız kardeşi Gevher Nesibe Sultan adına yaptırılmış Şifahane ve Medrese, 1890 yılına kadar hizmet vermiştir.

Cumhuriyet döneminde ise 1969 yılında Hacettepe Üniversitesi’ne bağlı olarak Gevher Nesibe Tıp Fakültesi açılmış ve 1977 yılında kurulan Kayseri İşletme Fakültesi ile 1978 yılında kurulan Kayseri Üniversitesi’nin ilk fakülteleri olmuşlardır.

Kayseri Üniversitesi’nin adı, 1965 yılında kurulan Kayseri Yüksek İslam Enstitüsü (bugünkü Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesi) ile 1977 yılında kurulan Kayseri Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisini de (bugünkü Erciyes Üniversitesi Mühendislik Fakültesi) bünyesine dahil edilerek 1982 yılında Erciyes Üniversitesi olarak değiştirilmiştir.

2012 yılında kurulan ve 2018 yılında fakülteye dönüştürülen Uygulamalı Bilimler Fakültesi, 1975 yılında eğitim-öğretime başladıktan sonra 1981 yılında Kayseri Meslek Yüksekokulu olarak Erciyes Üniversitesi’ne bağlanan bugünkü adıyla Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, 1996 yılında kurulan Safiye Çıkrıkçıoğlu Meslek Yüksekokulu, 1997 yılında kurulan Mustafa Çıkrıkçıoğlu Meslek Yüksekokulu, 2003 yılında kurulan Develi Hüseyin Şahin Meslek Yüksekokulu, 2003 yılında kurulan Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu, 2006 yılında kurulan Bünyan Meslek Yüksekokulu, 2011 yılında kurulan Tomarza Mustafa Akıncıoğlu Meslek Yüksekokulu ve 2012 yılında kurulan Pınarbaşı Meslek Yüksekokulu, 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan “Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun” ile Erciyes Üniversitesi’nden ayrılarak yeniden ilgili kanun ile kurulan Kayseri Üniversitesi’nin kurucu fakülte ve meslek yüksekokulları olmuşlardır.

Develi İslami İlimler Fakültesi, Develi Sosyal ve Beşeri Bilimler Fakültesi, Mühendislik Mimarlık ve Tasarım Fakültesi ile Yahyalı, Yeşilhisar ve İncesu Meslek Yüksekokullarının da ilgili Kanuna eklenmesiyle dört fakülte ve on bir meslek yüksekokulu ile 2018 yılında kurulan Kayseri Üniversitesi’nin bünyesine 2020 yılında kurulan Sağlık Bilimleri Fakültesi ve 2023 yılında kurulan Organize Sanayi Bölgesi Meslek Yüksekokulu’nun dâhil edilmesiyle fakülte sayısı beşe, meslek yüksekokulu sayısı on ikiye yükselmiştir.

Bugün Kayseri Üniversitesi, beş fakülte, on iki meslek yüksekokulu, bir lisansüstü eğitim enstitüsü ve on iki uygulama ve araştırma merkezi ile öğrenci sayısı açısından Kayseri şehrinin ikinci büyük üniversitesi olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.